"I am God in The Wired. I created you, Lain..."
Für die 13-jährige Lain gibt es inzwischen keinen Ausweg mehr aus der undurchdringlichen Netz-Welt "The Wired". Anfangs ging es ihr vielleicht nur darum, das Rätsel um eine Mail zu lösen, die anscheinend von einer toten Klassenkameradin verschickt wurde. Doch nun muss sie sich die Frage stellen, ob auch sie für ihre Existenz überhaupt noch einen Körper in der realen Welt benötigt: Eine Art Doppelgängerin verbreitet im Netz geheime Informationen - ist sie echt und Lain selbst nur eine Illusion?
Als ihre Freunde sich langsam von ihr distanzieren und selbst ihre Familie auseinander bricht, sucht die Schülerin mutig nach Antworten in der virtuellen Welt. Sie trifft auf einen Mann, der behauptet, Gott zu sein.
Hat er Lain geschaffen?