Godzilla taucht aus den Fluten des Meeres auf und zerstört die Stadt Nemuro. Die Wissenschaftler Yuji Shinoda und Yuki Ichonose versuchen, einen Zusammenhang zwischen dem Auftauchen Godzillas und einem mysteriösen Meteorenfund herzustellen. Doch der Meteor entpuppt sich als gigantisches Ufo, das versucht, mit Hilfe eines Hyperblast Godzilla auszulöschen. Ein unerbittlicher Kampf der Giganten entfacht...